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上海交通大学“仪器科学与技术”学科最早成立于20世纪50年代，是交大最有传统特色的学科之一。1958年设立“精密仪器及机械”二级学科，1979年被批准成为硕士点，1996年被批准成为博士点。1978年设立“导航制导及控制”二级学科并被批准为硕士点，1986年被批准成为我国航海领域第一个博士点。2000年上海交通大学的“仪器科学与技术”学科成为国家一级学科并获博士学位授予权，2003年建成“仪器科学与技术”博士后流动站。该一级学科下设“精密仪器及机械”、“测试计量技术及仪器”、“导航制导与控制”与“纳米功能材料与科学仪器”四个二级学科。同时，拥有“仪器仪表工程”和“计算机技术（测控）”两个工程硕士专业，以及“测控技术及仪器”
本科专业，共建薄膜与微细技术教育部重点实验室，共建卫计委科技中心肿瘤个体化治疗分子诊断研究基地，是国家重点培育学科。
六十多年来，上海交通大学“仪器科学与技术”专业的教职员工以“求真、务实、创新、服务”为理念，在“追求精准，敢为人先”的精神引领下，在科研、教学、测绘、导航、仪器仪表研发等方面取得了一系列卓越的成就，已成为培养我国“仪器科学与技术”各层次人才的基地。
上海交通大学“仪器科学与工程”系现有教职工近60人，专职教师46人，其中教授和博士生导师15名。其中包括中国工程院院士1名，美国工程院院士1名（系学术委员会主任），中组部“千人计划”1名，上海市“千人计划”2名，外籍千人计划1名，国家杰出青年基金获得者1名，长江特聘教授1名，特聘责任教授2名，重大研究计划首席科学家1名，教育部“新世纪优秀人才”3名，上海市浦江人才2名，讲席教授2名，上海市优秀学科带头人2名。正在承担的科研项目有：纳米重大研究计划项目、国家重大科技专项、863重点项目、基金委仪器专项、自然科学基金重点项目、省部级重点科技攻关项目和国防预研项目等；在Advanced
Materials, Biomaterials, Advanced Functional Materials, Biosensors &
Bioelectronics, Lab on a chip, Nano Energy
等专业杂志上发表了系列研究论文，研究成果被Science、Nature Materials、Nature Nanotechnology
等杂志引用与评论，科研成果应用于临床医疗、航天测控、汽车制造、汽车电子、能源与交通工程等领域。近10年来，获国家发明二等奖1项，国家科技进步二等奖1项，教育部自然科学二等奖1项，上海市等省部级科技奖多项。与国外20多所大学建立了合作关系，培养了一大批专业人才。
上海交通大学“仪器科学与工程”系主要由四个研究所组成，即“传感器与智能检测机器人研究所”，“精密医学工程与智能系统研究所”、“特种环境测控与深空探测卫星研究所”与“纳米功能材料与科学仪器研究所”。主要研究方向有：精密测量，生物医学成像与图像处理，导航制导与控制，精密仪器、机器人、汽车电子、生物传感器、智慧医疗仪器，纳米医学，多功能纳米探针与分子影像、分子诊断与个体化治疗仪器，康复工程，脑功能成像等。
培养的博士后人才将具备扎实的专业知识、理论基础和创新性学术思维，能应用材料、信息、物理、力学、化学、工程等领域的技术解决关键科学问题与重大技术问题，具备较强的学术表达和交流能力和高水平学术领导能力。
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