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生态学是农业科学和环境科学的重要基础理论学科，与农业生产与环境保护有关的环境生态学、污染生态学、生态毒理学、资源综合利用等已成为现代生态学热点和特色方向。上海交通大学生态学学科2003年获硕士学位授予权,2005年获博士学位授予权，2011年调整为生态学一级学科博士点，形成了一个由12名教授、12名副教授和7名讲师组成的学科团队。本学科重点培养生态学专业研究型与实用型相结合的高层次人才。同时围绕国家和地方在农业生境与环境生态方面的战略需求，开展与农业生产和环境生态过程有关的生态系统功能、环境污染控制、资源综合利用等方面的研究、开发和应用工作。
在科学研究方面，近三年来，本学科团队以农业部都市农业（南方）重点实验室为基地，主持承担了包括国家重大科技专项、国家科技支撑计划、国家863计划、国家自然科学基金重点项目及上海市重大科技攻关项目等在内的国家和地方科研项目87项，到账科研经费7700多万元，在生态毒理学、污染生态与生境调控、农村水污染治理、生物质能源工程、农林生态系统碳汇功能和土壤生态修复等方面取得多项重要研究成果，获得省部级科技成果奖
5项，获得专利授权17项，出版专著4 部、教材2本，并在Plant Cell、Genes & Development、Bioresource
Technology、Chemical Communications、Ecological Engineering、Molecular
Plant、Environmental Pollution、Journal of Physical Chemistry
B、Journal of Hazardous Materials、Microbial
Biotechnology等国际著名科学杂志上发表SCI论文100余篇，研发了“组合式复合生物滤池”、“多功能木霉菌剂”等具有重要推广价值的环保生态技术，建设了上海交通大学浦江绿谷低碳农林实践基地。同时，本学科积极开展国际合作与交流，主持召开了“工业区环境污染与生态修复”，“中法土壤生物学与生态学”和“生物质能：机遇与挑战”三次国际学术研讨会。与美国、欧洲、日本等国家的10多个知名学校和科研机构建立了良好的合作关系。
在人才培养方面，本学科的学术环境优越、教学资源优良、培养方案完备，形成了研究型的教学特色。近三年研究生发表论文80余
篇，其中SCI论文50余篇，获得上海市教学成果奖二等奖一项，上海市研究生优秀成果（学位论文）2项，教育部高校科技进步二等奖（学生参加）一项，研究生申请并获得专利授权5项。
总体上看，我校生态学学科已在污染生态与生境控制、植物生态与景观、作物生态与有害生物控制和环境生态与农业资源利用研究方向上形成了明显的特色和优势，2011年我校环境科学与生态学已入围ESI世界前1%学科（ESI数据库2012年1月1日公布），成为我国集人才培养、研究开发和服务社会于一体的生态学学科重要基地之一。
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